Como en buena parte del mundo en desarrollo apenas se usan herbicidas, el hábito del uso de los cultivos transgénicos podría agravar la crisis ambiental ya que los herbicidas son tóxicos para muchos organismos del suelo, contaminan las aguas subterráneas y pueden tener efectos a largo plazo en las personas y en la fauna. Por otra parte el fenómeno de la resistencia aparecerá, favorecido por la dependencia de unos pocos herbicidas de amplio espectro (glifosato y glufosinato. Otro peligro a controlar es el de la propagación de los genes de las semillas transgénicas a otras plantas vecinas silvestres.