A mediados de 1994 se creó por el Gobierno de Canarias la empresa anónima, sin ánimo de lucro, Gran Telescopio de Canarias S.A. (Grantecan S.A.) para dotar al proyecto de una estructura eficiente de gestión y una gran capacidad ejecutiva. El 4 de abril de 1998 la Presidencia del Gobierno español aprobó la ejecución del telescopio. Actualmente la propiedad de Grantecan S.A. es compartida también por el Estado español. El Consejo de Administración está asesorado por un Comité científico en el que forman parte expertos extranjeros y científicos del IAC.