La presencia de antioxidantes en el cacao se pierde durante los procesos de elaboración y manipulación de productos derivados. El cacao puro, sin edulcorantes ni emulsionantes, contiene una gran cantidad de flavonoides y, en particular, de procianidina, con alegadas propiedades protectoras frente a cáncer, cardiopatías isquémica e ictus. Algunos fabricantes ya ofrecen productos basados en cacao y chocolate con mayores concentraciones de antioxidantes y flavanoles. Así algunos chocolates, que se elaboran con habas de caco seleccionadas, no llevan materiales lácteos adicionados, poseen una alta concentración de cacao y muy pocos aditivos. Otra línea de investigación apoyada por el Departamento de Agricultura de Estados Unidos y la empresa IBM persigue la secuenciación del genoma de la semilla del cacao así como el estudio de las modificaciones a realizar para que sea más resistente a enfermedades y de lugar a productos más sabrosos y saludables.