Debido a su origen y control militar el sistema GPS ha presentado ciertos fallos, sobre todo en épocas o situaciones de conflictividad bélica, lo que podría ocasionar consecuencias catastróficas en algunas aplicaciones civiles. Entre los casos documentados figura un informe canadiense sobre un avión afectado por la interrupción de señal durante 1h y 20 min., agravado por un error de posición de 200 km al restablecerse la señal. Las autoridades de aviación de Islandia también cuentan con varios problemas de ese tipo en su zona de control, etcétera. En agosto del 2001 el informe Volpe, encargado por el gobierno americano, recogía un extenso catálogo de fallos. Aunque el GPS III mejore el problema de su control militar americano siempre persistirá.