Fundamentalmente son de dos tipos. En primer lugar algunos genes, entre ellos los homeóticos, organizan la síntesis de factores de transcripción en momentos precisos del desarrollo y en zonas concretas del embrión. Actuando de forma jerárquica regulan la aparición de estructuras diferenciadas, y su presencia es innecesaria en el organismo adulto. Un segundo tipo de señales que regula la diferenciación en el desarrollo embrionario no parece ser distinto de otros que intervienen en el mantenimiento del organismo adulto, con señales entre las que se encuentran las hormonas y diversos factores paracrinos que, junto a sus receptores, se usan a lo largo del ciclo vital para distintos propósitos.