La evolución de los seres vivos, incluso el hombre, por procesos naturales podía prescindir de una intervención divina directa para su creación. Para los creyentes en una interpretación literal de la Biblia o creadores de un Dios con semejanza humana, ello representaba una grave amenaza y la respuesta fue inmediata. Un ejemplo, el del teólogo Charles Hodge quien acusó a Darwin de negar la existencia de Dios al definir a los humanos como el resultado de un proceso natural en lugar de una creación diseñada por Dios. Por contra, Emma, la mujer de Darwin, mujer muy religiosa, era capaz de discutir de esos temas con él seria y profundamente. Darwin poco antes de su muerte confesaba su condición de agnosticismo, pero no de ateo, aceptando la idea de Dios como "dador de vida". Al morir, pese a la oposición al respecto, diversos científicos, presionaron para celebrar su funeral en la abadía de Westmister, el lugar más sagrado de la iglesia anglicana, lo que finalmente pudo realizarse como reconocimiento a su grandeza intelectual.

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