El Programa Marco en elaboración que apoyará el ElE, propone no dar prioridad a los proyectos colaborativos pequeños que han caracterizado a los Programas anteriores. Su prioridad será los de gran volumen y la implantación de infraestructuras. Para ellos existirán "Redes de Excelencia" (proyectos multidisciplinarios de Ciencia fundamental) y "Proyectos Integrados" (relacionados con grandes esfuerzos industriales de (I + D). Muchos científicos de toda Europa se han apresurado a criticar esa filosofía ("efecto San Mateo": dar más al que más tiene) afirmando que potenciará a los ya más potentes y que no garantiza un acceso igualitario a los fondos europeos por parte de todos los científicos europeos cualificados.