Las muestras sometidas en la Zona Cero de Nueva York a los análisis de ADN mitocondrial poseen la peculiaridad de que todas son idénticas y que su ADN se hereda por vía materna. El contenido informativo de su ADN es menor, aproximadamente un 80%. Por el contrario, como ventajas se pueden señalar que las mitocondrias suelen ser muy abundantes, y su ADN se puede extraer de restos óseos aunque se haya perdido la masa tisular, permitiendo su amplificación a partir de cantidades iniciales muy pequeñas. Por todo ello, la técnica mitocondrial suele usarse como apoyo a la de STR.